Конечно существуют идентификационные номера для двигателя и они уникальны, поэтому их и сверяют.
Насчет номера коробки я узнал тут
http://www.automn.ru/suzuki-grand-vi..._id2-2143.html
Думаю вполне законно предполагаю, что на заводе во время изготовления каждой машины в базу данных заносят номера кузова, двигателя и коробки. Хотя насчет коробки я не уверен.